L'agarosio è un polisaccaride estratto dalle alghe. Quando viene comprato è una polvere che viene sciolta se riscaldata, in quanto a temperatura ambiente non si scioglie. Il supporto del gel è uno stampo che può essere comprato o può essere fatto semplicemente con una lastra di vetro mettendo intorno ad essa una pellicola resistente ad alte temperature perchè appena versato l'agarosio sarà bollente. Dopo aver sciolto l'agarosio lo si fa raffreddare fino ad una temperatura di circa 45 gradi centigradi prima di versarlo sullo stampo. Inoltre sullo stampo si mette un pettine perchè una volta versato l'agarosio lo si lascia raffreddare in modo che il pettine porti alla formazione dei pozzetti in cui inserire il preparato. In seguito si aggiunge il composto BROMURO D'ETIDIO una sostanza che intercalandosi tra il DNA lo rende fluorescente una volta che sarà irradiato con luce UV. Dopo aver preparato il supporto di agarosio, lo si immette in una vaschetta contenente il tampone che sommergerà tutto il gel. La vaschetta viene collegata ad un voltmetro, siccome il DNA è acido sarà caricato sul catodo e quindi migrerà verso l'anodo. La velocità di migrazione dipenderà dalla grandezza della molecola (frammenti piccoli migrano più velocemente, quelli grandi più lentamente). Per vedere quanto è lungo il frammento di DNA, si pongono nel gel dei marcatori di lunghezza nota in modo tale da poter risalire alla lunghezza della molecola.
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