Questa tecnica citogenetica si basa sullo stesso principio su cui si basa la CGH convenzionale. Mentre la CGH convenzionale usa cromosomi metafasici come substrato per il legame dei DNA test e control, nella CGH array vengono utilizzati 20.000 cloni BAC (cromosomi batterici artificiali) o PAC (cromosomi artificiali di fago P1) con inserti di DNA di circa 150Kb ognuno, spottati su di una matrice chiamata appunto "array". Gli inserti di DNA immobilizzati sul supporto corrispondo a loci specifici di ogni cromosoma e rappresentano l'intero genoma umano con una risoluzione di 0,8Mb.
Le sonde vengono depositate come punti (spot) di 100-150 micron di diametro sull'array da sistemi robotizzati che durante l'operazione registrano anche le coordinate di ogni singolo spot in modo tale da poterli identificare successivamente. Le sonde vengono poi ancorate al supporto mediante irragiamento con luce UV e il cDNA in eccesso rimosso con semplici lavaggi.
Infine il cDNA immobilizzato viene reso a singolo filamento utilizzando una denaturazione termica o chimica.
Il DNA che deve essere ibridizzato con il DNA di controllo - detto "target" - viene prima marcato, come nel caso della CGH tradizionale, con molecole fluorescenti e poi messo a contatto con il cDNA sull'array. Si effettua un ultimo lavaggio per rimuovere il DNA aspecifico e infine si pone l'array in uno scanner per la rilevazione della fluorescenza emessa che viene misurata in pixel.
L'analisi dei risultati viene effettuata come per la CGH tradizionale, in base al rapporto di fluorescenza:
Rf = 1:1 - Si otterrà in corrispondenza delle zone che appaiono di colore giallo-arancio (in seguito alla sovrapposizione dei segnali verde e rosso) in cui quindi l’assetto genomico è normale
Rf = 1,5 (o maggiore):1 - Si otterrà in corrispondenza delle zone in cui si ha prevalenza di color verde ed indica che si è in presenza di una duplicazione di quella regione
Rf = 0,5:1 - Si otterrà nelle zone in cui si ha prevalenza del colore rosso, vuol dire che quella regione ha subito una delezione
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