L'ambiente è pieno di sostanze tossiche che possono attaccare le nostre cellule. Le cellule hanno svariate strategie per difendersi da tali sostanze. In alcuni casi usano enzimi per trasformare le molecole dannose in modo da renderle innocue. In altri casi sequestrano i composti pericolosi ed espellendoli in vari modi. In altri casi, come quello che stiamo per analizzare,le cellule possono costruire delle pompe specializzate ad individuare le molecole dannose ed espellerle all'esterno della membrana cellulare.
La glicoproteina P, mostrata qui a lato e proveniente dal file PDB 3g61, è la più comune pompa molecolare che protegge le nostre cellule dalle molecole tossiche. Si trova inserita nella membrana cellulare ed è continuamente alla ricerca di molecole estranee idrofobiche. Quando ne trova una la intrapola in una tasca profonda all'interno della proteina e poi cambia la propria conformazione strutturale. La nuova conformazione causa un apertura della proteina verso l'esterno della cellula per poi rilasciare la molecola dannosa al suo esterno. Affinchè possa funzionare la glicoproteina P ha bisogno di un imput di energia metabolica, e la ottiene consumando una molecola di ATP per garantire che tutto ciò avvenga rapidamente.
