MOTIVI DI LEGAME ALL'RNA.

Nel post precedente ho accennato ai motivi di legame delle proteine al DNA. Domanda: esistono motivi di legame all'RNA? la risposta è si. Inevitabilmente esistono proteine in grado di legarsi all'RNA, e tali proteine come nel caso di quelle che si legano al DNA hanno specifici motivi che ne permettono un'interazione tra le componenti amminoacidiche delle proteine e i nucleotidi dell'acido nucleico in questione.

I principali, o una parte di tali motivi sono:

• Il dominio ribonucleoproteico (RNP): comprende quattro foglietti beta e due alfa eliche nell'ordine beta-alfa-beta-beta-alfa-beta. I due foglietti beta centrali formano il legame con la molecola di RNA. Questo dominio è il motivo di legame all'RNA più comune.
• Il dominio di legame all'RNA a doppio filamento (dsRBD): simile al dominio precedente, ma con una struttura alfa-beta-beta-beta-alfa. La sua funzione di legame al DNA è localizzata tra beta e alfa, alla fine della struttura. Come indica il nome, il motivo si ritrova in proteine che legano l'RNA doppio filamento.
• Il dominio di omologia k: ha la struttura beta-alfa-alfa-beta-beta-alfa, con la funzione di legame situata tra la coppia di alfa-eliche. Non è molto comune.
• L'omeodominio: lega il DNA, in alcune proteine può avere anche un attività di legame all'RNA. In particolare, una proteina ribosomale utilizza una struttura simile all'omeodominio per legare l'rRNA e alcune proteine a omeodominio come Bicoid di Drosophila melanogaster in grado di legare entrambi gli acidi nucleici.