LA BGI SEQUENZIA IL GENOMA DEL BATTERIO E.COLI COMPARSO IN GERMANIA.

Nella speranza che non si tratti di un qualcosa di incontrollabile, a fronte della recente epidemia di infezione  di E.coli che si è diffusa in Germania la University Medical Centre Hamburg-Eppendorf e la BGI-Shenzhen hanno sequenziato il genoma del batterio per iniziare a valutare i rischi per la salute umana. Dalle analisi è risultato che il ceppo di E.coli in questione appartenga ad un ceppo sconosciuto definito dagli autori del lavoro molto tossico. In genere l'E.coli è un batterio che si trova comunemente nell'intestino degli esseri umani e degli animali a sangue caldo.
 La maggior parte dei ceppi di E. coli sono innocui.

 Alcuni ceppi tuttavia, come Enteroemorragico E. coli (EHEC), possono causare gravi malattie di origine alimentare. E 'trasmessa all'uomo principalmente attraverso il consumo di alimenti contaminati, come i prodotti di terra crudi o poco cotti di carne e di latte crudo. La sua rilevanza a livello di sanità pubblica è stata riconosciuta nel 1982, in seguito ad un'epidemia negli Stati Uniti d'America. EHEC produce le tossine, noto come verotoxins o tossine Shiga-like a causa della loro somiglianza alle tossine prodotte da Shigella dysenteriae. EHEC può crescere a temperature che vanno da da 7 ° C a 50 ° C, con una temperatura ottimale di 37 ° C. Alcuni EHEC possono crescere in alimenti acidi, fino a un pH compreso tra 4,4 e negli alimenti con un minimo di attività dell'acqua (Aw) di 0,95. Viene distrutto dalla cottura completa dei cibi giàò a temperature di 70 ° C o superiori. E. coli O157: H7 è il sierotipo più importante EHEC in relazione alla salute pubblica, tuttavia, altri sierotipi sono stati spesso coinvolti in casi sporadici e in vari focolai.

Secondo l'ultimo annuncio di funzionari della sanità tedesca, il numero di morti in Europa dal inizio dell'epidemia è salito ad almeno 17. Oltre 1.000 nuovi casi di infezione sono stati segnalati anche in altre parti d'Europa, tra cui Svezia, Danimarca, Paesi Bassi, Regno Unito, e altri ancora. La University Medical Center Hamburg-Eppendorf ha ottenuto la maggioranza dei pazienti infetti dal nord della Germania ed ha osservato che il trattamento antibiotico era inefficace.

BGI è stato informato della situazione di pericolo e, in collaborazione con l'University Medical Center Hamburg-Eppendorf researchers, utilizzato la loro tecnologia genomica per determinare il ceppo infettivo, in modo tale da ottenere informazioni su quelli che possono essere i meccanismi di infezione, e facilitare lo sviluppo di misure di lotta contro la diffusione di questa epidemia.

Dopo aver ricevuto i campioni del DNA batterico, la BGI ha terminato il sequenziamento del genoma del batterio entro tre giorni, utilizzando la loro piattaforma di sequenziamento di terza generazione - Ion Torrent of Life Technologies. L'analisi bioinformatica ha rivelato che questo E. coli è un nuovo ceppo di batterio altamente infettivo e tossico.

Secondo i risultati del gruppo di progetto in corso (disponibile per il download al sito ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/Ecoli_TY-2482), la dimensione stimata del genoma di questo nuovo ceppo di E. coli è di circa 5.2 Mb (megabasi). L'analisi di sequenza ha indicato che questo batterio è un sierotipo EHEC O104 di E. coli, tuttavia, si tratta di un nuovo sierotipo - in precedenza non coinvolto in alcun focolaio di E. coli. L'analisi comparativa ha dimostrato che questo batterio ha delle similarità di sequenza del 93% con la CEEA 55.989 un 'altro ceppo di E. coli, che è stato isolato nella Repubblica Centrafricana e noto per causare una grave diarrea. Il nuovo ceppo di E. coli, tuttavia, ha anche acquisito sequenze specifiche che sembrano essere simili a quelli coinvolti nella patogenicità della colite emorragica e della sindrome emolitico-uremica. L'acquisizione di questi geni può essersi verificato attraverso il trasferimento genico orizzontale. L'analisi ha dimostrato inoltre che questo batterio mortale comporta numerosi geni che lo rendono resistente agli antibiotici, inclusa la resistenza nei confronti di aminoglicosidi, macrolidi e antibiotici beta-lattamici: tutto ciò rende estremamente difficile il trattamento antibiotico.

Il team di ricerca analizzerà ulteriormente l'integrità dei geni di virulenza, i loro profili di espressione, la resistenza ai farmaci, e i meccanismi di trasferimento genico seguita dalla convalida di questi geni in altri ceppi. Inoltre BGI e collaboratori stanno mettendo a punto kit diagnostici per aiutare a limitare l'epidemia.

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Le sequenze di questo nuovo ceppo di E. coli sono state caricate su NCBI (SRA No: SRA037315.1) e sono inoltre disponibili per il download immediato all'indirizzo ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/Ecoli_TY-2482.

fonti:

http://www.bgisequence.com/eu/newsandevents/news/bgi-sequences-genome-of-the-deadly-e-coli-in-germany-and-reveals/

OMS: organizzazione mondiale della sanità