Mendel non si limitò solo ad incrociare piante che si distinguevano per un solo carattere, ma effettuò anche esperimenti con piante che differivano per due caratteri. Ecco un'altro degli esperimenti portati avanti da Mendel.
Un incrocio tra piante che producono semi gialli e lisci con piante che producono semi verdi e rugosi, in questo caso lo scopo dell'esperimento era di vedere quale dei caratteri, forma o colore venissero ereditati in maniera indipendente. La generazione F1 risulta essere tutta liscia di conseguenza gli alleli che determinano il carattere liscio e giallo devono essere dominanti rispetto a verde e rugoso. Come negli esperimenti dove venivano pres in considerazione singoli caratteri, anche in questo caso Mendel lasciò che le piante crescessero per poi lasciare che si autofecondassero, in seguito contò i semi della F2 e li classificò in base al fenotipo. Come mostrato nell'immagine le classi fenotipiche erano quattro e rappresentavano tutte le possibili combinazioni che potevano derivare dai caratteri parentali, due delle quattro classi erano identiche alle parentali, mentre altre erano completamente diverse e cioè giallo rugoso, e verde liscio.
La spiegazione è che ogni carattere era controllato da geni differenti ognuno dei caratteri aveva inoltre due alleli. e i due geni erano ereditati indipendentemente l'uno dall'altro.
Quando Mendel contò la generazione F2 trovò per la precisione:
Tipo Genotipo Fenotipo Numero Rapporto fenotipico
Parentale Y-R- giallo,liscio 315 9/16
ricombinante yyR- verde, liscio 108 3/16
ricombinante Y-rr giallo,rugoso 101 3/16
Parentale yyrr verde, rugoso 32 1/16
Dal momento che i geni per il colore e la forma del pisello si assortiscono indipendentemente, il gamete Y può ricevere con uguale probabilità l'allele per la forma R o r. Così la presenza di un particolare allele di un gene, per esempio l'allele Y non fornisce alcuna informazione sull'allele del secondo gene. Ciascun diibrido della generazione F1 può produrre quattro tipi di gameti: YR; Yr; yR; yr, ciò significa in termini di probabilità che i 1/4 dell uova e 1/4 dei pollini conterranno ognuna delle quattro possibili combinazioni. Un'altra acuta osservazione di Mendel fu che: "...I differenti tipi di cellule germinali di un ibrido sono prodotte in media, in ugual numero".
Come mostrato nel quadrato di Punnet, al momento della fecondazione, i quattro tipi di uova, si combineranno con uno qualsiasi dei quattro tipi di polline e ciò porterà alla formazione di 16 combinazioni diverse, 16 possibili zigoti. In realtà a livello genotipico abbiamo solo 9 combinazioni diverse: (YYRR, YYRr; YyRR; YyRr; yyRR; yyRr; YYrr; Yyrr; yyrr; ). A sua volta se osserviamo bene i genotipi ci renderemo conto che potremmo avere solo 4 fenotipi: giallo liscio; verde rugoso; giallo rugoso; verde liscio, nel rapporto 9:3:3:1. E come predetto dalla legge della segegazione di Mendel ogni carattere viene ereditato in un rapporto sempre di 3:1 (se osserviamo solo la forma o il colore del pisello). Questo significa che l'eredità del gene per il colore del pisello non dipende dall'eredità del gene per la forma del pisello.
Questa è la legge dell'assortimento indipendente: durante la formazione dei gameti coppie di alleli differenti segregano indipendentemente l'una dall'altra.
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