Il supporto utilizzato in questo tipo di elettroforesi è verticale. Per formare questo gel abbiamo bisogno dei composti acrilammide e bisacrilammide, quest'ultimi essendo monomeri vengono polimerizzati mediante la formazione di legami crociati. Tale polimerizzazione viene indotta dalla formazione di radicali liberi generati dalla decomposizione chimica dell'AMMONIO PERSOLFATO oppure dalla decomposizione della RIBOFLAVINA in presenza di tracce di ossigeno. In entrambi i casi di solito viene aggiunto alla miscela necessaria alla formazione del gel il composto N',N',N',N'-TETRAMETILENDIAMMINA (TEMED), uno stabilizzatore di radicali liberi. Le proprietà fisiche del gel e le dimensioni dei pori reticolati che si vengono a formare durante la preparazione, dipendono dalla proporzione di poliacrilammide nel gel e dal grado di formazione dei legami crociati (più acrilammide ci sta più piccolo sarà il diametro del poro e delle maglie del gel).La prima parte del gel è in genere un pò più compatta ed è detta STAKING GEL; in essa il campione è compattato, schiacciato per avere bande più risolute; nella parte sottostante dove avviene la separazione elettroforetica, il campione arriva più compresso. Tale regione è detta SEPARATING GEL. E' da notare che l'aggiunta di SDS ed altri detergenti, urea, acido acetico, TRITON ecc... come descriveremo in seguito consentono di effettuare una elettroforesi in condizioni denaturanti. Ricordiamo che la poliacrilammide viene usata per separare proteine e piccoli acidi nucleici.
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